Nosotros hasta ahora utilizábamos RockMongo que es un cliente WEB basado en PHP y como producto está bien te permite crear, borrar, exportar e importar bases de datos, consultar, insertar y ejecutar funciones javascript.
Pero para mi uno de los problemas es que está basado en web y tienes que tener un servidor web para montarlo y es poco cómodo.
Se echa de menos una solución parecida a SQLYog para MySQL donde es instalas un cliente configuras tus conexiones desde el cliente y ya puedes acceder.
Pues la opción de este tipo para MongoDB es MONGOVUE, los instalas pones tu conexión y nos permite las mismas funciones que rockmongo y de una manera bastante intuitiva.
Referencia:
http://stackoverflow.com/questions/4269688/mongo-interface
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